La Via Francisca si ritiene che abbia origini molto antiche e che, nel corso dei secoli, abbia subito modifiche sia nel tracciato che nel modo di appellarla. La sua storia è strettamente connessa a quella della Via Regina (vedi in proposito la Via dei Monti Lariani). Il tratto della Via Francisca, pur esistendo, non veniva appellato con un nome proprio in quanto si trattava di una naturale prosecuzione della direttrice principale: la Via Regina.

Questa strada, secondo alcune testimonianze del periodo romano, aveva una sua parallela che correva sul versante orientale del Lago di Mezzola e del fiume Adda e raggiungeva allo stesso modo Chiavenna (tale via veniva appellata “Strada dei Cavalli”).
Durante il periodo dell’Alto Medioevo le grosse direttrici di impianto romano, tra cui la Regina in Valchiavenna, vennero accantonate e caddero in disuso.
Il tracciato tornò in auge, con una rinnovata importanza per i traffici commerciali e con un nuovo nome, Via Francisca appunto, durante il XIII sec.. In quell’epoca sulle Alpi furono molte le strade battezzate con il medesimo nome (nel francese antico “franchir” significava valicare, superare, e “franchissement” significava passaggio).
Una tradizione riporta che la Via Francisca venne percorsa dal Barbarossa, che si rifugiò nella torre Colombée di Samolaco durante una delle sue discese in Italia.
La strada rimase per lungo tempo un’arteria vitale anche per la difesa strategica della valle. Nel 1483 fu percorsa dai soldati Grigioni che puntavano a invadere il territorio delle Tre Pievi dell’Alto Lario; nel 1525 sempre i Grigioni, in lotta con Giangiacomo Medici detto il Meneghino, distrussero il castello di S. Andrea (a Samolaco) per impedirgli di utilizzare il Passo Forcola come collegamento tra i suoi possedimenti di Val Mesolcina e quelli di Musso Gravedona e Sorico.
Con il consolidamento della dominazione dei Grigioni, la Via Francisca tornò ad avere un ruolo commerciale ridotto quasi esclusivamente a livello locale, frequentata dagli abitanti di Albonico e Samolaco e dagli allevatori del lago che trasferivano il bestiame sugli alpeggi della Valle di Spluga.
Nel secondo ventennio del XVII sec., durante la dominazione spagnola e le guerre per la Valtellina, la via tornò in auge e gli spagnoli stessi ritennero necessario fortificare il Passo della Francisca a difesa degli assalti nemici.
Anche nella prima guerra mondiale al Passo della Francisca si tornarono a costruire alcune opere di fortificazione militare temendo un’invasione dalla Svizzera o più probabilmente uno sfondamento dallo Stelvio. Ai giorni nostri l’antica strada mantiene un suo fascino ancestrale dove, alle meraviglie naturali, si affiancano le impronte dei resti delle opere dell’uomo.